Auch an der Planung an einem der Wohnbauten des Roten Wien war Grete Lihotzky beteiligt – für den Otto-Haas-Hof, im 20. Bezirk, der 1924 – 1925 gebaut wurde.

In dieser Zeit erkrankte Grete an Tuberkulose und musste für fast ein Jahr in ein Sanatorium. Diese Krankheit holte sie zeitlebens immer wieder ein. 

Ihre erfolgreiche Tätigkeit machte sie auch international bekannt. 1926 wurde die Architektin nach Frankfurt am Main an das städtische Hochbauamt berufen, wo in großem Maße neue Siedlungsanlagen geplant wurden. Sie arbeitete an den Wohnungstypen unter Berücksichtigung der Rationalisierung der Hauswirtschaft, die später so bekannte „Frankfurter Küche“ entstand.  Viele Ausstellungen und Publikationen folgten zur Präsentation der neuen Entwicklungen. 

1927 heiratet sie Wilhelm Schütte, einen deutschen Architektenkollegen am Hochbauamt.  Sie blieb berufstätig, auch wenn Doppelbeschäftigungen von EhepartnerInnen im städtischen Dienst nicht gestattet waren, gab es für sie zeitweise Ausnahmegenehmigungen, daneben war sie selbständig tätig. 

Im Jahr 1930 ging das Paar mit einer ExpertInnengruppe nach Moskau, die neue Wohnstädte für die  verschiedenen Teile der Sowjetunion planten. Margarete war speziell für alle Bauten für Kinder  zuständig, wie Kindergärten, Kinderkrippen, Kinderklubs und Kindermöbel. Ihr Mann Wilhelm Schütte war der Experte für Schulbau. 

In Wien entstand in den Jahren 1930-1932 die Werkbund-Siedlung mit siebzig Musterhäusern nach den Planungen österreichischer und internationaler ArchitektInnen. Darunter war Margarete Schütte-Lihotzky die einzige Architektin, die zur Planung eingeladen war. Ihre Häuser gehörten zu den kleinsten und günstigsten Bauten, wurden kurz nach ihrer Errichtung verkauft und befinden sich seither in Privatbesitz.

Margarete und Wilhelm Schütte entschlossen sich 1937 die Sowjetunion zu verlassen und reisten nach Paris. Erst im Herbst 1938 fand das Paar in Istanbul Exil. Inzwischen war Österreich dem Deutschen Reich angeschlossen. In Istanbul konnten sie an der Académie des Beaux-arts, die dem Erziehungsministerium unterstand, arbeiten.

Margarete Schütte-Lihotzky schloss sich in Istanbul einer österreichischen kommunistischen Widerstandsgruppe gegen den Nationalsozialismus um Architekt Herbert Eichholzer an. Im Winter 1940 fuhr sie nach Wien, um sich aktiv am Widerstand zu beteiligen. Sie wurde in Wien inhaftiert, das Todesurteil für sie beantragt. Das Urteil lautete 15 Jahren Zuchthaus, die sie im Zuchthaus Aichach in Bayern verbringen musste. Dort erlebte sie die Befreiung und das Kriegsende im Mai 1945. 

Um ihren Mann wieder zu treffen reiste sie im Jahr 1946 in Richtung der Türkei. Sie musste jedoch in Sofia Bulgarien auf seine Ausreise warten. In der Zwischenzeit plante sie die ersten Kindergärten Bulgariens, einige wurden gebaut und sind seither in Betrieb.
Anfang 1947 kehrten Margarete Schütte-Lihotzky und Wilhelm Schütte gemeinsam nach Wien zurück. Der Neubeginn in der Nachkriegszeit war schwierig. Die unterschiedlichen Erfahrungen in den sechs Jahren der Trennung führten die beiden auseinander. Nach vier Jahren trennte  sich das Paar, beruflich arbeiteten sie noch einige Male zusammen. 

Große Bedeutung für Margarete hatten nun die politische Anliegen der Frauen- und Friedensbewegung. Als Präsidentin des neu gegründeten Bundes Demokratischer Frauen Österreichs (BDFÖ) war sie ab 1948 aktiv. Sie hielt Vorträge und schrieb Artikel für verschiedene Zeitschriften, auch für die Stimme der Frau des BDFÖ. Schon seit den ersten Jahren ihrer Berufstätigkeit publizierte sie zu Architekturthemen. 

Als Architektin befasste sie sich mit verschiedenen Bauaufgaben, gestaltete Ausstellungen und nahm als Architektin und Friedensaktivistin an internationalen Kongressen teil. Sie war an der Planung des GLOBUS Druckerei- und Verlagshauses beteiligt. Im Auftrag der Stadt Wien plante sie zwei Wohnhäuser und zwei Kindergärten. 

1970 übersiedelte Margarete Schütte-Lihotzky in die, von ihr geplante Wohnung mit Dachterrasse in der Franzensgasse in Wien. Die Sommermonate verbrachte sie in ihrem Haus in Radstadt. Sie schrieb an ihren Lebenserinnerungen. Vor allem war es ihr wichtig ihre Erinnerungen aus dem Widerstand festzuhalten, die als Buch 1985 erstmals erschienen. 

In ihren späten Jahren erhielt sie zahlreiche Würdigungen, Preise und Ehrendoktorate, auch 

wurde ihr 1993 das österreichischen Ehrenzeichen für Wissenschaft und Kunst verliehen.

Im selben Jahr fand im Museum für angewandte Kunst in Wien die erste Ausstellung über das Gesamtwerk der Architektin statt „Margarete Schütte-Lihotzky – Soziale Architektur. Zeitzeugin eines Jahrhunderts“. 

Am 18.Jänner 2000, 5 Tage vor ihrem 103.Geburtstag starb die Architektin in Wien.