Der Anschluss Österreichs an das Deutsche Reich im Jahr 1938 führte dazu, dass ihre Arbeitgeberin Liane Zimbler und deren Familie aufgrund ihrer jüdischen Wurzeln in die USA fliehen mussten und das Atelier geschlossen wurde. Erna Kapinus wurde daraufhin der Bauabteilung des Luftgaukommandos XVII zugewiesen und war dort als Architektin und Bauleiterin tätig. Sie plante vor allem die Innenausstattung von Kasinos, Wirtschaftsgebäuden, Büros des Luftflottenkommandanten sowie von anderen militärischen Gebäuden. Zudem war sie für die Erstellung von Kostenvoranschlägen verantwortlich. 

Nach dem Krieg, ab dem ersten Juli 1945, war sie schließlich als selbstständige freischaffende Architektin mit Wohn- und Arbeitsadresse in der Ferstelgasse 6 tätig. Im selben Jahr wurde sie Mitglied der neu gegründeten Berufsvereinigung der bildenden Künstler Österreichs, eine Interessenvertretung für alle bildenden Künstler*innen wie Maler*innen, Grafiker*innen, Bildhauer*innen, Architekten und Architektinnen und Kunstgewerbler*innen mit Wohnsitz in Österreich. Die Zentralvereinigung der Architekten dürfte in diesen Jahren ein Teilverein innerhalb der Berufsvereinigung gewesen sein.

Zwei Jahre später gab es dann berufliche und auch private Ereignisse, die das Leben der Architektin veränderten. Im Mai 1947 heiratete sie den Architekten Rudolf Grigkar und am 27. Juni 1947 absolvierte sie erfolgreich die Ziviltechnikerprüfung. Am 12. Februar 1948 erlangte sie die Befugnis als Architektin. Damit wurde sie zu einem Mitglied der Ingenieurkammer und trat aus diesem Grund im März 1948 aus der Zentralvereinigung der Architekten aus. Nur zwei Jahre später, im Jahr 1950, legte sie die Befugnis als Architektin jedoch bis 1954 zurück. Erna Grigkar gab in ihrem Ansuchen an das Bundesministerium für Handel und Wiederaufbau ‚zwingende, familiäre Gründe‘ als Grund dafür an. Nähere Details dazu sind nicht bekannt. Als Architektin in Wien entwarf Grigkar sowohl allein, als auch in Zusammenarbeit mit anderen Architekten und Architektinnen mehrere Wohnhausanlagen für die Gemeinde Wien, darunter die Wohnhausanlage Breitenfurterstraße 555-557 (1973-1975) mit 24 Wohnungen in zweigeschossigen Häuserblocks. Bei diesem Projekt verband sie gekonnt Architektur und Freiraum, indem sie für jede Wohnung Balkone plante und großzügige Freiflächen um die Häuserblöcke schuf. Eine besondere Note erhielt die Anlage durch einen in den Boden versenkten Spielplatz, der den Kindern einen geschützten Raum zum Spielen bot. Der Erdwall um den Spielplatz sollte den Kindern ein Gefühl der Sicherheit vermitteln. Auch Erna Grigkars Ehemann war als selbständiger Architekt im Bereich Wohnbau für die Stadt Wien tätig.

Erna Grigkar lebte zeitlebens in ihrer Heimatstadt und hinterließ zahlreiche Zeugnisse ihres Engagements als Architektin. 

1 Die Frauenakademie, ursprünglich Kunstschule für Frauen und Mädchen genannt, war eine künstlerische Bildungseinrichtung für Frauen in Wien. Diese wurde 1897 gegründet, als es Frauen noch nicht möglich war eine künstlerische Ausbildung an der Kunstakademie zu machen – dies war erst ab 1920 möglich.