1941 bekam sie den Auftrag, das chemische Labor der Prüf- und Versuchsabteilung der Kraftfahrtechnischen Lehranstalt der Waffen-SS in der Maria-Theresien-Kaserne einzurichten. Für 6 Monate, bis ins Frühjahr 1942 war sie mit diesem Projekt beschäftigt. Über das chemische Labor konnten wir bis dato wenig finden, die Anlage selbst diente ab 1944 zum Teil als Außenlager des KZ Mauthausen.

Ende Sommersemester 1943 dissertierte sie mit der Arbeit Entwurfspläne zu einer 4-klassigen Volksschule für eine Gartenstadt mit Bauzeichnungen und Modell und war fortan Diplomabsolvent der Reichshochschule für angewandte Kunst Wien, wie sich das damals nannte. Im selben Jahr lernte sie ihren späteren Mann, den Maler Robert Pippal kennen, zuerst über eine Brieffreundschaft und erst später, als er kriegsverletzt im Lazarett lag, kam es zum ersten persönlichen Treffen. Bereits einige Monate später, Ende 1943 heirateten sie.

Im September 1944 wurde sie von der Reichskammer der bildenden Künste in Berlin angeschrieben und aufgefordert, sich für den totalen Kriegseinsatz zur Verfügung zu stellen, sollte sie nicht bereits in einem kriegswichtigen Bauvorhaben eingeteilt sein. Es ist allerdings nicht bekannt, ob dieses Schreiben eine Auswirkung hatte.

Das Kriegsende und die unmittelbare Nachkriegszeit brachten einige Veränderungen in ihrem Leben. Sie trat 1945 der Zentralvereinigung der Architekten Österreichs bei, löste die Zusammenarbeit mit Franz Schuster, weil sie sich beruflich übergangen fühlte, als er das Buch Treppen aus Stein, Holz und Eisen. Entwurf, Konstruktion und Gestaltung kleiner und großer Treppenanlagen (Die Bauelemente III)  unter seinem Namen im Julius Hoffmann Verlag in Stuttgart veröffentlicht wurde, obwohl sämtliche Konstruktionszeichnungen von Eugenie Kottnig ausgeführt worden ohne ihren Anteil zu erwähnen, und machte sich selbständig. Die ersten selbständigen Aufträge erhielt sie dank persönlicher Kontakte. Als sie und ihr Mann 1947 die Anfrage bekamen Illustrationen für das Österreich-Buch, herausgegeben von Ernst Marboe, beizusteuern, wurde das zu einer Art künstlerischem Durchbruch.

Am 15. September 1949 erhielt sie die Befugnis einer Architektin. Ihre Arbeiten und Interessen in der Zweiten Republik waren vielfältig. Sie nahm an Wettbewerben teil, plante Inneneinrichtungen und fand Freue daran, Zeichnungen für Publikationen anzufertigen. Sie nahm an so prominenten Wettbewerben, wie dem Museum der Stadt Wien oder der Umgestaltung des Donaukanals teil, an dem sich 38 Architekten und Architektinnen beteiligt hatte, und für den sie – gemeinsam mit ihrem beruflichen Partner Boris Christo Christoff – immerhin den 5. Platz erreichen konnte. 1953 übernahm sie kurzfristig die Redaktion der Architekturzeitschrift Der Bau, die sie aber nach internen Konflikten bald wieder zurücklegte. Erfolgeicher blieb sie mit Beiträgen für Publikationen. Sie veröffentlichte Stadtpläne in der Zeitschrift Sie und Er bei oder gestaltete 1952 eine Einladungskarte zum Heurigen für den österreichischen Außenminister Karl Gruber. Einige andere Illustrationsprojekte  blieben nur in der Planungsphase und wurden nicht umgesetzt.

Zunehmend arbeitete sie im Bereich der Inneneinrichtungen. Ob für Privatkunden von Wien bis New York, oder Businesskunden, hier sei das Bürogebäude der Firma Franck und Kathreiner in Linz und die Wiener Städtische Bestattung erwähnt.

Obwohl sie mit ihrem Mann über fünf Jahrzehnte im gemeinsamen Atelier arbeitete, war es ihr immer auch wichtig, eigenständige Projekte voranzutreiben. So kann sie ab Mitte der 1950er Jahre Aufträge der Stadt Wien für Wohnhausanlagen lukrieren, z. B.1962–1966 für die Wohnhausanlage in der Jägerstraße 65-67 im 20. Wiener Gemeindebezirk oder  1968–1973 für die Wohnhausanlage in der Thürnlhofstraße 20-25 im 11. Bezirk. Ob planungsverantwortlich, oder in Gemeinschaft mit anderen Architektinnen und Architekten, sie war eine vielbeschäftigte und gefragte Architektin bis in die 1980er Jahre. 1988 starb sie 77-jährig in Wien.